La TVA étant un impôt multistade, il convient d'éviter les cumuls d'impôt par la déduction de l'impôt préalable. L'impôt sur les produits et services affectés à des opérations imposables (transformation) peut être déduit à titre d'impôt préalable. Ainsi, seule la valeur ajoutée créée par l'entreprise est taxée. Dans l'UE, une partie de ces recettes revient aux Etats membres, une autre à l'Union. L'impôt est supporté par le consommateur final.
Pour éviter qu'une entreprise exerçant des activités commerciales internationales ne soit taxée dans son pays comme dans le pays d'exportation, il existe dans l'UE un système de recouvrement grâce auquel les sociétés évitent la double imposition. Une entreprise suisse est en principe imposable dès la première opération réalisée avec un pays membre et doit s'inscrire de sa propre initiative auprès des autorités fiscales du pays en question. L'UE travaille actuellement à une plus grande harmonisation et à la simplification de la législation européenne en matière de TVA.
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